La manera más efectiva de prevenir las infecciones de transmisión sexual es evitar el contacto de las partes del cuerpo o de los líquidos que pueden llevar a una transferencia, no necesariamente actividad sexual con una pareja infectada. Idealmente, ambos miembros de la pareja deben conseguir pruebas para ITS antes de iniciar el contacto sexual, o si una de las parejas estuvo en contacto con algún otro, pero incluso entonces, ciertas ETS, particularmente ciertos virus persistentes como VPH, pueden ser imposibles de detectar con los procedimientos médicos actuales mientras que pueden ser asintomáticos. La prevención es también clave en el manejo de la ETS viral como el VIH y herpes, pues son incurables. Muchas enfermedades que establecen infecciones permanentes pueden ocupar el sistema inmune así, otras infecciones se vuelven más fácilmente transmitidas. No existe el sexo seguro sino sexo con protección.
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